دانشگاه میبد از سه دانشکده فنی و مهندسی، الهیات و معارف اسلامی و علوم انسانی و 12 گروه آموزشی تشکیل شده است که شامل 30 رشته تحصیلی در مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکترای تخصصی می باشد.
دانشکده ها و واحدهای آموزشی و تحقیقاتی شرح وظایف رئیس دانشکده ها شرح وظایف مدیر گروه آموزشی دانشکده ها و واحدهای آموزشی و تحقیقاتی دانشکده فنی و مهندسی رئیس دانشکده هیات علمی گروه آموزشی مهندسی صنایع گروه آموزشی مهندسی کامپیوتر گروه آموزشی مهندسی پزشکی گروه آموزشی مهندسی مکانیک گروه آموزشی مهندسی مواد رشته های تحصیلی دانشکده علوم انسانی رئیس دانشکده هیات علمی گروه آموزشی علوم اقتصادی گروه آموزشی ایرانشناسی گروه آموزشی جغرافیا گروه آموزشی مدیریت رشته های تحصیلی دانشکده الهیات و معارف اسلامی رئیس دانشکده هیات علمی گروه آموزشی حقوق گروه آموزشی فقه و حقوق اسلامی گروه آموزشی علوم قرآن و حدیث گروه آموزشی فلسفه و حکمت اسلامی گروه آموزشی معارف اسلامی رشته های تحصیلی