دانشگاه ميبد براي دانشجويان دختر و پسر كه در فاصله‌اي بيشتر از شعاع ۱۰۰ كيلومتري دانشگاه سكونت داشته باشند، خوابگاه اختصاص مي دهد، حتي دانشجوياني كه ساكن شهرستانهاي استان يزد با فاصله بيش از ۱۰۰ كيلومتر از دانشگاه هستند، مي‌توانند از اين تسهيلات استفاده كنند. دانشگاه داراي سه باب خوابگاه ويژه برادران به مساحت 3300 متر مربع و با ظرفيت 330 نفر و پنج باب خوابگاه نوساز ويژه خواهران به مساحت 5500 متر مربع و ظرفيت 550 نفر در داخل سايت اصلي دانشگاه مي باشد. خوابگاه برادران در سه بلوك سه طبقه و به صورت متمركز و خوابگاه خواهران در ده بلوك سه طبقه به صورت سوييت مجزا در هر طبقه از بلوك طراحي شده است. در هر يك از سوييت‌هاي خوابگاه خواهران، سه اتاق، يك هال، يك آشپزخانه، دو سرويس بهداشتي و دو حمام تعبيه شده است. دانشگاه ميبد داراي دو زمين چمن مصنوعي است که يكي از آنها در محوطه خوابگاه برادران و ديگري در خوابگاه خواهران استقرار يافته است. خوابگاه برادران دارای يك سالن مطالعه و در مجموعه خوابگاههاي خواهران نیز يك سالن مطالعه بزرگ قرار گرفته است. ضمناً كتابخانه مركزي دانشگاه نیز در نزديكي خوابگاه خواهران استقرار يافته است. همچنین خوابگاه برادران شهید رعیت نیز بصورت حیاط مرکزی با ظرفیت ۱۴۰ نفر دارای یک سالن مطالعه بوده و در فاصله ۵کیلومتری سایت اصلی دانشگاه قرار دارد. لازم به ذکر است خوابگاه دانشجویی متأهلين در داخل سایت اصلی دانشگاه میبد، در حال احداث است.