هیات امنا هیات امنا عالی ترین ركن دانشگاه می باشد كه وظایف و اختیارات آن در قانون تشكیل هیأت های امنای دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی (مصوب جلسات 181 و 183 مورخ 1367/12/9 شورای عالی انقلاب فرهنگی) و همچنین قانون نحوه انجام امور مالی و معاملاتی دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی و تحقیقاتی( مصوب مورخ 1369/10/18مجلس شورای اسلامی) تعیین شده است. دانشگاه های دولتی وابسته به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در استان یزد شامل دانشگاه یزد، دانشگاه میبد و دانشگاه اردکان در قالب یک هیات امنا اداره می شوند که دبیرخانه آن در دانشگاه یزد مستقر می باشد. ضمنا این هیات امنا دارای 7 عضو حقوقی و 6 عضو حقیقی به شزح ذیل می باشد: اعضاء حقوقی: - وزیرعلوم - مشاور وزیر و رئیس مرکز هیات های امنا - رئیس کمیسیون دائمی هیات امنا - رئیس دانشگاه یزد - رئیس دانشگاه میبد - رئیس دانشگاه اردکان - نماینده سازمان مدیریت و برنامه ریزی کشور اعضاء حقیقی: - دکتر جلیل شاهی - مهندس حبیب الله بیطرف - دکتر شایسته دادفرنیا - دکتر محمدعلی طالبی - محمد صالح جوکار - مهندس محمدحسین فنایی شرح وظایف: - تصویب آیین نامه داخلى. - تنظیم و تصویب بودجه تفصیلى سالیانه دانشگاه. - تعیین نحوه نگهدارى اموال و بررسى چگونگى نظارت و تمركز حسابهاى اموال منقول و غیرمنقول دانشگاه. - تعیین نحوه برداشت و مصرف كمكهاى دریافتى مردمى، موضوع بند د ماده 27آیین نامه مالى و معاملاتى دانشگاه ها. - تصویب سازمان ادارى و تشكیلاتى دانشگاه، براساس ضوابطى به پیشنهاد وزارت علوم، تحقیقات و فناورى و با هماهنگى سازمان امور ادارى و استخدامى كشور و مصوّبه شوراى عالى انقلاب فرهنگى. - تصویب نحوه وصول درآمدهاى اختصاصى و نحوه مصرف آن. - تعیین حسابرس و خزانه دار براى دانشگاه. - تلاش براى جلب همیاری هاى بخش خصوصى و عواید محلّى، اعمّ از نقدى، تجهیزاتى و ساختمانى با رعایت ضوابط مصوّب شوراى عالى انقلاب فرهنگى. - تصویب آیین نامه هاى مالى و معاملاتى كه حَسَب مورد پس از تأیید وزارت علوم، تحقیقات و فناوری قابل اجراست. - پیشنهاد میزان فوق العاده هاى اعضاى كادر هیأت علمى و غیر هیأت علمى كه پس از تأیید وزارت علوم ، تحقیقات و فناوری قابلیّت اجرایى دارد. - تعیین نحوه اداره واحدهاى تولیدى، خدماتى، كارگاهى و بهداشتى و درمانى در چارچوب ضوابط مصوّب هیأت وزیران. - تعیین میزان پرداخت حق التحقیق، حق التدریس، حق الترجمه، حق التألیف و نظایر آن. - بررسى گزارش مشروح دانشگاه كه از طرف ریاست دانشگاه ارائه مى گردد. - تصویب مقرّرات استخدامى اعضاى هیأت علمى دانشگاه كه به منظور هماهنگى پس از تأیید وزارت علوم، تحقیقات و فناورى قابلیّت اجرایى مى یابد. در مواردی که موضوعی نیاز به بررسی های کارشناسی دارد، هیاتی متشکل از اعضای هیات امناء و کارشناسان ذی ربط از وزارتخانه و دانشگاه کمیسیون دایمی هیات امناء را تشکیل می دهند.