دانشگاه میبد از سه دانشکده فنی و مهندسی، الهیات و معارف اسلامی و علوم انسانی و 12 گروه آموزشی تشکیل شده است که شامل 30 رشته تحصیلی در مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکترای تخصصی می باشد.